Este novo Centro nasce da iniciativa da Confederação Nacional da Agricultura, ao qual se juntaram um conjunto de entidades, entre elas a Associação das Mulheres Agricultoras e Rurais Portuguesas (MARP), a Federação Nacional de Baldios (BALADI), a Associação dos Jovens Agricultores de Portugal (AJAP), a Associação para a Cooperação e o Desenvolvimento (ACTUAR), a Associação Portuguesa para o Desenvolvimento Local (ANIMAR), a Direção-Geral de Agricultura e Desenvolvimento Rural (DGADR), a Escola Superior Agrária de Coimbra, a Escola Superior Agrária de Viseu, a Federação Minha Terra (FMT), o Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária (INIAV), o Instituto Superior de Agronomia e a Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro.
O CeCAFA tem como objetivo aumentar a partilha de conhecimento e experiências entre as diversas entidades de forma a reforçar a investigação, a difusão do conhecimento, a promoção da inovação e a qualificação dos produtores na valorização da agricultura familiar e da agroecologia, tornando-a mais sustentável.